Институт экономики финансов и бизнеса (ИНЭФБ) ведет свою историю от экономического факультета организованного в структуре БашГУ в 1988 году. В открытие и дальнейшее становление экономического факультета БашГУ весомый вклад внесла старейшая на факультете кафедра общеэкономической теории. Выделившись как самостоятельная единица в 1947 году из состава кафедры марксизма-ленинизма, до 1991 года она существовала как общеуниверситетская кафедра политической экономии, а с созданием экономического факультета вошла в его состав. Переход к рыночным отношениям в корне изменил содержание учебного курса, направлений научных исследований и, соответственно, с 1993 изменилось название кафедры – она стала называться кафедрой общей экономической теории. В течение четверти века кафедрой заведовал д.э.н. проф., академик АН РБ, заслуженный деятель науки БАССР, заслуженный деятель науки РСФСР, член редколлегии многотомной энциклопедии «Башкортостан», впоследствии первый ректор БАГСУ, первый главный редактор журнала «Экономика и управление» А.Х. Махмутов. С 1995 по 2000 гг. кафедру возглавлял д.э.н. проф., заслуженный экономист РБ Х.А. Барлыбаев; затем заведовали кафедрой к.э.н, доценты Р.Х. Аллагулов, А.Н. Кузяшев, С.Р. Сибагатуллина. В настоящее время кафедру возглавляет д.э.н., профессор Г.М. Россинская.

Становлению экономического факультета способствовало то, что на географическом факультете  БашГУ работали специалисты, необходимые для подготовки экономистов:   Ш.В. Шихман , к.э.н, доцент Т.Х. Кузбеков, , к.э.н, доцент В.А. Лобанова, к.т.н., доцент Г.Л. Фадеева, которые были привлечены к организации учебного процесса на новом факультете. Огромную роль в этом процессе сыграл первый декан экономического факультета доктор философских наук, профессор, заслуженный деятель науки Республики Башкортостан М. Н. Сулейманов.

В конце 1990 – х и начале 2000-х годов на фоне возрастающего спроса экономики республики на экономические и управленческие кадры, адаптированные к работе в рыночных условиях, факультет получил бурное развитие. В указанные годы на протяжении 15 лет факультетом руководила Ф. С. Исхакова. Постепенно начала формироваться структура факультета и открываться новые специальности. В 1989 году организуется кафедра «Планирование народного хозяйства», которая в 1990 г.  получила новое название – «Управление производством» и ее заведующим стал доктор экономических наук, профессор, член-корреспондент РАН   Х. Н. Гизатуллин. В последующем работой кафедры руководил нынешний  премьер-министр Правительства Республики Башкортостан, кандидат экономических наук Р. Х. Марданов. С 1995 г. и на протяжении 16-ти лет кафедру возглавлял доктор экономических наук, профессор, действительный член РАЕН, заслуженный деятель науки Российской Федерации, Республики Башкортостан, Республики Татарстан, Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации Юсупов К. Н.. За годы существования кафедры не раз менялось ее название, трансформировались специальности, соответственно и дисциплины, по которым велась подготовка кадров. Сейчас кафедра носит название «Макроэкономическое развитие и государственное управление». Коллектив кафедры под руководством доктора экономических наук, доцента Янгирова А.В. осуществляет  подготовку высококвалифицированных специалистов-экономистов способных работать как в государственном, так и в коммерческом секторе экономики. Научные исследования преподавателями кафедры ведутся по теме: «Проблемы развития народнохозяйственного комплекса Республики Башкортостан в период перехода к рыночным отношениям». Суть их сводится к исследованию региона как функциональной и структурной подсистемы национальной экономики.

В 1990 г. создается кафедра социологии и экономики труда под руководством доктора социологических наук, профессора академика РАСН Д.М. Гилязетдинова. В последующем, с 1991 г. на протяжении 22 лет кафедрой заведовал доктор социологических наук, профессор, почетный работник высшего профессионального образования РФ Ф.У. Мухаметлатыпов. Профессором Мухаметлатыповым Ф.У.  были заданы образовательные и научные направления долгосрочного развития, в русле которых, кафедра развивается сегодня. В настоящее время коллектив кафедры, возглавляемый  доктором экономических наук Назаровой У.А.  является конкурентоспособным поставщиком образовательных услуг, включающих все современные направления подготовки специалистов в области экономики труда,  управления персоналом и предпринимательства.

В 1994 г. была организована кафедра финансов и налогообложения под руководством кандидата экономических наук, профессора Ф.С. Исхаковой , которая на данный момент является самой многочисленной по количеству студентов и, соответственно, преподавателей, кафедрой Института. Уже много лет заведующей кафедрой является кандидат экономических наук, доцент Г.А. Галимова, которой внесен огромный вклад в развитие учебно-методического и научного потенциалов кафедры. В настоящее время здесь активно разрабатываются направления научно-исследовательских работ, связанные с финансовым и налоговым регулированием экономических процессов, институциональными аспектами финансовой системы и эволюцией кредитных отношений.

В 2001 г. под руководством доктора экономических наук, профессора, академика Академии наук Республики Башкортостан, заслуженного деятеля науки Российской Федерации и Республики Башкортостан М. Н. Исянбаева была образована кафедра региональной экономики. На протяжении долгих лет кафедрой заведовала кандидат экономических наук, доцент, заслуженный деятель культуры Республики Башкортостан С. М. Шакирова, а затем доктор философских наук, профессор, кандидат экономических наук В. Г.Хайруллина. В настоящее время, с учетом трендов развития рынка труда кафедра во главе с  доктором экономических наук, доцентом Янгировой Е.И.,  ориентирована на подготовку специалистов в области менеджмента и маркетинга и носит название «Управление проектами и маркетинг».

В 2002 г. была организована кафедра «Математические методы прогнозирования в экономике». Первым заведующим кафедрой стала доктор экономических наук, профессор А.Р. Саяпова, ныне профессор МГУ им. Ломоносова.  В настоящее время кафедрой «Математические методы в  экономике» успешно руководит доктор экономических наук, профессор Р.Х. Бахитова. Под ее руководством коллектив кафедры ведет успешную образовательную и научно – исследовательскую деятельность, ориентируясь на современные тренды развития экономики, в частности в научной работе акцент делается на исследование и использование технологий цифровой экономики. 

В 2011 г. экономический факультет возглавил доктор делового администрирования (DBA), доктор экономических наук Ахунов Р. Р.,   которому за короткие сроки удалось обозначить стратегические цели и задачи, сформировать команду единомышленников и подготовить факультет к присвоению  статуса института, который был получен в 2013 году.

В дальнейшем реалии и требования жизни предопределили необходимость усиления языковой подготовки будущих экономистов, финансистов, управленцев. В этой связи уместным было включение в состав Института кафедры иностранных языков для профессиональной коммуникации. Сегодня преподаватели кафедры, под руководством к.э.н., доцента  С.В. Губик  ведут целенаправленную работу по совершенствованию языковой подготовки не только  студентов ИНЭФБ, но и обучающихся других институтов и факультетов БашГУ.

В 2014 г. создается кафедра инновационной экономики. Заведующим кафедрой стала Л.С. Валинурова, доктор экономических наук, профессор, заслуженный деятель науки Российской Федерации и Республики Башкортостан. Под ее руководством за относительно короткий период кафедра вышла на передовые позиции по учебной и научной работе. В частности, на базе кафедры инновационной экономики была запущена   программа двойного диплома с Ляонинским университетом (Китай). Специализацией кафедры стали научные исследования в области управления инновационно-инвестиционными процессами.

В 2017 году директором института становиться доктор экономических наук Янгиров А. В., который продолжил активно реализовывать курс развития ИНЭФБ, заложенный его предшественниками.  В 2018 году после того, как Янгиров А.В. был назначен руководителем Института стратегических исследований АН РБ, исполняющим обязанности директора ИНЭФБ стал доктор экономических наук Гришин К. Е..

В настоящее время перед коллективом института стоят новые задачи и вызовы обусловленными современными трендами развития экономики, технологий и общества. Накопленный опыт, сплоченный коллектив, достигнутые результаты позволяет нам с оптимизмом смотреть в будущее и рассчитывать на то, что Институт экономики финансов и бизнеса БашГУ и дальше будет вносить достойную лепту в развитие республиканского и российского экономического образования.